Organisasi pengelola terdiri atas :
1. Rektor memiliki wewenang
- Melakukan persetujuan MoU dan/atau kerjasama dengan pihak mitra,
- Melimpahkan kegiatan kerjasama kepada Fakultas, Lembaga atau unit kerja yang relevan,
- Melindungi hak profesional bagi pelaksana kegiatan kerjasama,
- Menandatangani MoU dan/atau Perjanjian Kerjasama yang telah disepakati bersama.
2. Direktorat Kerjasama
- Merencanakan, mengembangkan dan melaksanakan perintisan kegiatan kerjasama dengan pihak mitra,
- Melakukan koordinasi dalam lingkungan Universitas Mercu Buana Yogyakarta,
- Memfasilitasi dan mendukung kelancaran proses kegiatan kerjasama yang diusulkan oleh unit-unit kerja di lingkungan Universitas Mercu Buana Yogyakarta,
- Melakukan kegiatan pengadministrasian seluruh kegiatan kerjasama
- Menyiapkan dan melaksanakan acara penandatanganan MoU atau perjanjian kerjasama,
- Mengembangkan sistem informasi dan administrasi pelaksanaan kerjasama, dan
- Melakukan monitoring, evaluasi, dan pelaporan administrasi pelaksanaan kerjasama.
Prinsip Pelaksanaan
Pelaksanaan kerjasama yang akan dilakukan hendaknya berpedoman pada prinsip:
- Kejelasan tujuan dan hasil yang diperoleh,
- Dikerjakan oleh petugas yang memahami konsep, teori dan proses serta berpengalaman dalam kerjasama,
- Melibatkan pihak yang dipandang perlu dan berkepentingan secara proaktif,
- Dapat dipertanggungjawabkan secara internal dan eksternal,
- Dilaksanakan secara bertahap dan berkelanjutan,
- Efektif, efisien, dan terukur,
- Bersifat institusional.